بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها در سطح مولكول DNA

بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها در سطح مولكول DNA

ژنوم ارقام سیب
روابط ژنتیکی ارقام و پایه های سیب
بررسی تنوع ژنتیکی سیب
تنوع ژنتیکی سیب با نشانگر SSR
شناسایی مولکولی ارقام و پایه های سیب توسط نشانگر SSR
ارزیابی روابط ژنتیکی تنوع انواع سیب به کمک مارکر SSR
بررسی ژنوم ارقام سیب
بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها

رفتن به سایت اصلی

دانلود پایان نامه رشته کشاورزی

بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها در سطح مولكول DNA

 

 

 

چکیده:

ثبت و شناسایی ارقام و پایه های گیاهی و تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها مستلزم دسترسی به روشهای دقیق و قابل تکراری که از شرایط محیطی متأثر نباشد، می باشد. روشهای سنتی تعیین هویت بر اساس مشاهده ظاهری درخت و میوه است.  با توجه به اینکه بسیاری از خصوصیات ظاهری تحت تأثیر عوامل محیطی قرار می گیرند، این روش قابل اعتماد نیست.با استفاده از نشانگرها در سطح ملکول DNA می توان اطلاعات دقیقی از ژنوم گیاهان بدست آورد.از جمله نشانگرهای معتبر در بررسی ژنوم سیب، نشانگر SSR است که بدلیل تکرارپذیری بالا، ایجاد الگوی باندی نسبتاً ساده و توارث همبارز در بررسی تنوع ژنتیکی و شناسه دار کردن ارقام و  پایه های سیب کارایی بالایی دارد.

 

در بررسی حاضر از 5 جفت نشانگر پلی مورفیک SSR بر روی 24 رقم و پایه سیب بمنظور تهیه شناسنامه ژنتیکی برای بعضی از ارقام و پایه ها و همچنین تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها استفاده شد. نمونه های برگی از کلکسیون سیب جمع آوری و DNA آنها استخراج شدند و سپس با استفاده از نشانگرهای اختصاصی SSR مورد تکثیر قرار گرفتند.  پس از الکتروفورز عمودی در دستگاه توالی یاب  DNA در ژل پلی آکریل آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره در مجموع 52 آلل پلی مورفیک در 5 لوکوس ریزماهوار ( میانگین 4/10 در هر لوکوس) شناسایی شدند.

تجزیه کلاستر بطور جداگانه برای ارقام و پایه ها بر اساس حضور و عدم حضور باند با استفاده از برنامه NTSYS و ضریب تشابه Dice  مبتنی بر UPGMA انجام گرفت.  دندوگرام حاصل از ارقام نشان داد که ارقام مورد بررسی تنوع زیادی داشتند و در 6 کلاستر جای گرفتند و سیبهای گلاب مورد بررسی توسط این 5 جفت نشانگر از هم تفکیک شدند.  در دندوگرام پایه ها شباهت دو پایه MM111و  MM106 مشاهده گردید.با استفاده از 3 آغازگر (CH01H01,02B1,CH02B10) باندهای اختصاصی در ارقام (24 رقم) مشاهده شد. همچنین اگوی نواربندی اختصاصی برای بعضی از ارقام در هر آغازگر بدست آمد.  در نهایت این 5 آغازگر توانستند آللهای اختصاصی مربوط به پایه ها را تعیین کنند.

 

 

 

 

کلمات کلیدی:

مارکر SSR

شناسایی مولکولی

ارقام و پایه های سیب

 

 

 

 

 

مقدمه   

مهمترین درختان میوه ای که در مناطق معتدله و سردسیری به صورت اهلی درآمده‌اند در خانواده گلسرخیان  قرار دارند مانند سیب، گلابی، آلوچه، گیلاس و….. .  سیب از نظر اقتصادی بیشترین اهمیت را در بین محصولات درختی مناطق معتدله و سردسیری دارد و تعداد زیادی از ارقام تجاری آن به دلیل گرده‌افشانی باز، تلاقی‌های كنترل شده و یا تلقیح موتاسیون سوماتیكی با ارقام سازگار، قابل استفاده در برنامه‌های اصلاحی اند. یك مشكل قابل توجه در صنعت سیب و فراورده های آن تعیین هویت ارقام آن می‌باشد. روشهای سنتی تعیین هویت بر اساس مشاهده ظاهری درخت ومیوه است. با توجه به اینكه بسیاری از خصوصیات ظاهری تحت تأثیر عوامل محیطی قرار  می گیرند، این روش، قابل اعتماد نیست. روش دیگر برای تعیین هویت ارقام استفاده از نشانگر می باشد. استفاده از نشانگرها در سطح مولكول DNA  دقیق ترین روش بررسی است که جزئیات بیشتری از ژنوم ارقام سیب را ارائه می‌دهد. ازجمله نشانگرهای معتبردر بررسی ژنوم سیب، نشانگر  SSRاست که به دلیل قابلیت تکرارپذیری بالا، ایجاد الگوی باندی نسبتاً ساده و توارث هم بارز، در بررسی تنوع ژنتیکی و شناسه دار کردن ارقام سیب کارایی بالایی دارد. در این تحقیق با استفاده از نشانگرهای منتخب SSR تنوع ژنتیکی 29 رقم و پایه سیب و امکان دستیابی به نوارهای اختصاصی DNA در هر یک از ارقام و پایه ها مورد بررسی قرار گرفت.

 

 

 

 

فهرست مطالب

چکیده: 1

مقدمه 2

 

فصل اول:بررسی منابع و کلیات 3

1-1- تاریخچه و گسترش سیب در جهان 4

2-1- درخت سیب و خواص بتانیكی آن 5

3-1- فرآورده‌های سیب 6

4-1- خواص دارویی سیب 6

5-1- ارزش غذایی سیب 7

6-1- پایه‌های سیب 8

1-6-1-پایه‌های بذری 8

2-6-1- پایه‌های رویشی(غیر بذری) 9

1-2-6-1-پایه‌های مالینگ 9

2-2-6-1- پایه های مالینگ مرتون 10

3-2-6-1-پایه های بوداگوسکی 11

7-1- زیست شناسی مولكولی 11

1-7-1- نشانگر 11

2-7-1- هدف از كاربرد نشانگر 11

3-7-1- انواع نشانگرهای ژنتیكی 12

1-3-7-1- نشانگرهای ریخت‌شناسی (مورفولوژیكی) 12

2-3-7-1- نشانگرهای سیتوژنتیكی 12

3-3-7-1- نشانگرهای ملکولی در سطح پروتئین 12

4-3-7-1- نشانگرهای مولكولی در سطح  DNA 13

5-3-7-1- انواع نشانگرهای DNA 14

الف) نشانگرهای DNA غیر مبتنی بر PCR

– تفاوت طول قطعات حاصل از هضم (RFLP)  14

–  تعداد متفاوت ردیف‌های تكراری و ماهوارك‌ها (VNTR   & Minisatellites)  15

–  پویش ژنومی نشانه‌های هضم (RLGS)  15

ب) نشانگرهای DNA مبتنی بر PCR 15

4-7-1- ردیف‌های تكراری 17

1-4-7-1- ماهواره‌ها 18

2-4-7-1- ماهوارك‌ها 18

3-4-7-1- ریز ماهواره‌ها (میكروستلایت‌ها یا SSR) 19

5-7-1- چگونگی ایجاد میكروستلایت‌ها 20

6-7-1- خصوصیات نشانگرهای SSR 20

7-7-1- كاربردهای نشانگرهای SSR 21

8-7-1- مزایای ریز ماهواره ها 21

9-7-1- معایب ریز ماهواره‌ها 22

10-7-1- اساس چند شكلی در جایگاههای ریزماهواره 23

1-10-7-1-  مدل کراسینگ اور نا متقارن (UCO)  23

2-10-7-1- مدل سر خوردن پلیمراز هنگام همانند سازی(SSM) 24

8-1- واكنش زنجیره ای پلیمراز 24

1-8-1- اجزای واکنش PCR 24

1-1-8-1- آنزیم 24

2-1-8-1-مخلوط ذروكسی نوكلئوتید تری فسفات ( dNTPs ) 25

3-1-8-1-  DNA الگو 25

4-1-8-1-  آغازگرها 25

5-1-8-1- بافرها و كلرید منیزیوم 26

2-8-1- عوامل مؤثر براختصاصی بودن واكنش PCR 26

1-2-8-1- غلظت مخلوط  PCR 26

2-2-8-1- دما 27

3-2-8-1- تعداد و طول سیكل 27

4-2-8-1- افزاینده های PCR 27

3-8-1- (TD-PCR) Touch Down PCR 27

4-8-1- PCR  آشیانه ای 28

9-1- الكتروفورز ژل آگارز 28

10-1- الكترفورز ژل پلی آكریل آمید 29

11-1- مروری بر تحقیقات انجام شده توسط نشانگر SSR 29

 

فصل دوم مواد و روشها 31

1-2- مواد گیاهی 32

2-2- استخراج DNA 36

1-2-2- استخراجDNA به روش دلاپورتا 36

2-2-2- استخراج DNA به روش  CTAB 37

3-2- تعیین کیفیت نمونه های DNA 38

4-2- تعیین کمیت نمونه های DNA 39

5-2- PCR 39

1-5-2- اجزای واکنش  زنجیره‌ای پلیمراز 39

1-1-5-2- آغازگرها 39

2-1-5-2- آنزیم Taq DNA polymerase 40

3-1-5-2- بافر PCR 41

4-1-5-2- کلرید منیزیوم 41

5-1-5-2- dNTP 41

2-5-2- بهینه سازی واکنش زنجیره‌ای پلیمراز 42

6-2- الكتروفورز فراورده های PCR 43

1-6-2- الكتروفورز افقی در ژل آگارز 43

2-6-2- الكتروفورز عمودی در ژل پلی آکریل آمید 43

1-2-6-2- تیمار شیشه‌ها 44

2-2-6-2- تزریق ژل 44

3-2-6-2- گرم نمودن ژل 45

4-2-6-2- واسرشته سازی محصولات PCR 45

3-6-2 رنگ آمیزی ژل 46

7-2- تجزیه و تحلیل داده ها 47

1-7-2- امتیازدهی باندها 47

2-7-2- تجزیه خوشه ای 48

3-7-2-تعیین اندازه باندها و الگوی نواربندی اختصاصی 48

 

فصل سوم نتیجه گیری و بحث 49

1-3- نتایج استخراج DNA 50

2-3- بهینه سازی دمای اتصال آغازگرها 52

3-3- بهینه سازی روش PCR 52

4-3- بررسی نهایی نتایج حاصل از PCR 52

5-3- بررسی چند شکلی های SSR 54

6-3- بررسی و تحلیل روابط خویشاوندی بین ارقام 57

7-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای ارقام 60

7-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای ارقام 61

1-7-3- تعیین آللهای اختصاصی 61

2-7-3- الگوی نواربندی اختصاصی در ارقام 61

8-3- بررسی میزان خویشاوندی بین پایه ها 64

9-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای پایه ها 65

1-9-3- تعیین آللهای اختصاصی 65

 

فصل چهارم:نتیجه گیری کلی و پیشنهادات 75

نتیجه گیری کلی 80

پیشنهادات 84

ضمائم 87

منابع و مآخذ: 90

 

 

سیگنال های مغز ، تولید، استفاده و خواص

سیگنال های مغز ، تولید، استفاده و خواص سیگنال های مغز ، تولید، استفاده و خواص رفتن به سایت اصلی نمونه ترجمه مغز بخش شگفت آور و پیچیده بدن انسان است و به طور طبیعی مسئول کنترل تمام اندامهای دیگر…

تجزیه و تحلیل سیستمها

تجزیه و تحلیل سیستمها UML سیستم متدولوژی SSADM چرخه تولید سیستم نرم افزاری دانلود پایان نامه مهندسی کامپیوتر تجزیه و تحلیل سیستمها دانلود پایان نامه رشته کامپیوتر دانلود پایان نامه کامپیوتر خرید پایان نامه کامپیوتر فروش پایان نامه کامپیوتر رفتن…

مبانی نظری و پیشینه تحقیق فناوری اطلاعات نوین 89 صفحه

مبانی نظری و پیشینه تحقیق فناوری اطلاعات نوین 89 صفحه کلمات کلیدی : مبانی نظری فناوری اطلاعات نوین دانلود مبانی نظری فناوری اطلاعات نوین پیشینه تحقیق فناوری اطلاعات نوین دانلود پیشینه تحقیق فناوری اطلاعات نوین پیشینه داخلی فناوری اطلاعات نوین پیشینه خارجی فناوری…

مبانی نظری بررسی تطبیقی اثرات سطوح مختلف زئولیت و اسید هیومیک در رشد و جذب کادمیم به وسیله گندم

مبانی نظری بررسی تطبیقی اثرات سطوح مختلف زئولیت و اسید هیومیک در رشد و جذب کادمیم به وسیله گندم جذب کادمیم توسط گندم رشد کادمیم توسط گندم اثر اسید هیومیک و زئولیت بر جذب کادمیم تاثیر سطوح مختلف اسید هیومیک…

بانک سوالات حسابداری صنعتی

بانک سوالات حسابداری صنعتی کلمات کلیدی : بانک سوالات حسابداری صنعتی رفتن به سایت اصلی بانک سوالات حسابداری صنعتی در 5 فصل _شناخت حسابداری صنعتی(بهای تمام شده) - طبقه بندی عوامل - کنترل مواد - کنترل دستمزد - کنترل هزینه های سربار سوالات…

مدیریت استراتژیک سرمایه های انسانی

مدیریت استراتژیک سرمایه های انسانی سرمایه انسانی مدیریت منابع انسانی مدیریت استراتژیک سرمایه انسانی دانلود پاورپوینت رشته مدیریت مدیریت استراتژیک سرمایه های انسانی دانلود پاورپوینت مدیریت استراتژیک سرمایه های انسانی رفتن به سایت اصلی دانلود پاورپوینت رشته مدیریت مدیریت استراتژیک…

طراحی الگوی ارزیابی عملکرد با تکنیک تحلیل پوششی داده ها و منطق فازی

طراحی الگوی ارزیابی عملکرد با تکنیک تحلیل پوششی داده ها و منطق فازی مدل ارزیابی عملکرد سازمان مدل های نوین ارزیابی عملکرد سازمانی انواع مدل های ارزیابی عملکرد کارکنان پایان نامه ارزیابی عملکرد ارزیابی عملکرد سازمان پایان نامه ارزیابی عملکرد…

پاورپوینت آشنایی با ساختار داده ها در سیستمهای اطلاعات جغرافیایی

پاورپوینت آشنایی با ساختار داده ها در سیستمهای اطلاعات جغرافیایی پاورپوینت آشنایی با ساختار داده ها در سیستمهای اطلاعات جغرافیایی آشنایی با ساختار داده ها در سیستمهای اطلاعات جغرافیایی داده ها در سیستمهای اطلاعات جغرافیایی پاورپوینت ساختار داده ها در…

پاورپوینت انواع استراتژی (فصل دوم کتاب مدیریت و برنامه ریزی استراتژیک در عمل تألیف سرمد سعیدی)

پاورپوینت انواع استراتژی (فصل دوم کتاب مدیریت و برنامه ریزی استراتژیک در عمل تألیف سرمد سعیدی) کلمات کلیدی : پاورپوینت فصل دوم کتاب مدیریت و برنامه ریزی استراتژیک در عمل تألیف سهیل سرمد سعیدی پاورپوینت فصل دوم کتاب مدیریت و…

آشنایی با دیگها

آشنایی با دیگها دیگ انواع دیگ نحوه انتخاب دیگ دانلود مقالات رشته مکانیک دانلود مقالات مهندسی مکانیک دانلود مقالات مکانیک آشنایی با دیگها دیگهای بخار رفتن به سایت اصلی دانلود مقاله رشته مکانیک آشنایی با دیگها دیگ ها: ھﻤﺰﻣﺎن ﺑﺎ…

بررسی رابطه محافظه کاری از نگاه سود و زیانی و ترازنامه ای

بررسی رابطه محافظه کاری از نگاه سود و زیانی و ترازنامه ای محافظه كاری سود و زیانی محافظه كاری ترازنامه ای رابطه محافظه کاری از نگاه سود و زیانی و ترازنامه ای پایان نامه رابطه محافظه کاری از نگاه سود…

پاورپوینت گذری اجمالی بر سیر تحول مدیریت دولتی (بخش دوم کتاب مبانی مدیریت دولتی تألیف طاهره فیضی)

پاورپوینت گذری اجمالی بر سیر تحول مدیریت دولتی (بخش دوم کتاب مبانی مدیریت دولتی تألیف طاهره فیضی) پاورپوینت کتاب مبانی مدیریت دولتی تألیف طاهره فیضی پاورپوینت گذری اجمالی بر سیر تحول مدیریت دولتی سیاست و اداره در مدیریت دولتی نظریه…

مبانی نظری و پیشینه تحقیق نظریه های اضطراب ریاضی 37 صفحه

مبانی نظری و پیشینه تحقیق نظریه های اضطراب ریاضی 37 صفحه کلمات کلیدی : مبانی نظری اضطراب ریاضی پیشینه تحقیق اضطراب ریاضی فصل دوم پایان نامه اضطراب ریاضی مبانی نظری نظریه های اضطراب ریاضی پیشینه تحقیق نظریه های اضطراب ریاضی…

نشانه ها و عوامل بی تفاوتی سازمانی و راهکارهای مقابله با آن در کارکنان

نشانه ها و عوامل بی تفاوتی سازمانی و راهکارهای مقابله با آن در کارکنان کلمات کلیدی : نظریه های انگیزش عوامل بی تفاوتی سازمانی تحقیق کامل بی تفاوتی در سازمان بی تفاوتی کارکنان در سازمان مقاله در مورد بی تفاوتی…

خودروی برقی و طراحی یک سیستم گیربکس برای پیکان برقی

خودروی برقی و طراحی یک سیستم گیربکس برای پیکان برقی خودروی برقی سیستم انتقال قدرت نحوه تامین انرژی و عملكرد خودروی برقی طراحی یک سیستم گیربکس برای پیکان برقی خودروی برقی و طراحی یک سیستم گیربکس برای پیکان برقی دانلود…

بررسی ارتباط میان شركت در فعالیت منظم ورزشی و سلامت عمومی همسران غیر شاغل پاسدار

بررسی ارتباط میان شركت در فعالیت منظم ورزشی و سلامت عمومی همسران غیر شاغل پاسدار سلامت جسمانی فعالیت ورزشی منظم سلامت عمومی زنان سلامت عمومی روانی بررسی ارتباط میان شركت در فعالیت منظم ورزشی و سلامت عمومی همسران غیر شاغل…

معماری گذشته

معماری گذشته معماری معماری مدرن معماری سنتی معماری گذشته سیستم همکاری در فروش فایل همکاری در فروش فایل همکاری در فروش فروش فایل fileina فروشگاه ساز فایل فروشگاه فایل خرید مقاله و تحقیق رشته معماری رفتن به سایت اصلی معماری…

مبانی نظری و پیشینه تحقیق جو عاطفی خانواده 80 صفحه

مبانی نظری و پیشینه تحقیق جو عاطفی خانواده 80 صفحه کلمات کلیدی : فصل دوم پایان نامه جو عاطفی خانواده مبانی نظری جو عاطفی خانواده پیشینه تحقیق جو عاطفی خانواده پیشینه داخلی جو عاطفی خانواده پیشینه خارجی جو عاطفی خانواده…

ادبیات نظری و پیشینه تجربی ارتقای شغلی

ادبیات نظری و پیشینه تجربی ارتقای شغلی کلمات کلیدی : فصل دوم پایان نامه ارتقای شغلی مبانی نظری ارتقای شغلی پیشینه تحقیق ارتقای شغلی پیشینه داخلی ارتقای شغلی پیشینه خارجی ارتقای شغلی پیشینه پژوهش ارتقای شغلی پیشینه نظری ارتقای شغلی…

پرسشنامه تاثیر نقش پرستیژ، اعتبار و تصویر برند با توجه به ریسک و کیفیت درک شده بر روی قصد خرید مجدد مشتریان

پرسشنامه تاثیر نقش پرستیژ، اعتبار و تصویر برند با توجه به ریسک و کیفیت درک شده بر روی قصد خرید مجدد مشتریان کلمات کلیدی : پرسشنامه اعتبار برند پرسشنامه پرستیژ برند پرسشنامه تصویر برند پرسشنامه قصد خرید مجدد پرسشنامه قصد…

تحقیق جامع و کامل شیوه‌های تأمین مالی در ایران

تحقیق جامع و کامل شیوه‌های تأمین مالی در ایران دانلود تحقیق شیوه‌های تأمین مالی در ایران انواع روش‌های تأمین مالی روش های تأمین مالی خارجی فاینانس یوزانس خطوط اعتباری وام های بین المللی سرمایه‌گذاری مستقیم خارجی سرمایه‌گذاری غیرمستقیم خارجی صکوک…

مقاله رشته ادبیات فارسی،ادبیات عرفانی،ادیان وعرفان با عنوان اصطلاحات سمبلیک ورمزی عرفان

مقاله رشته ادبیات فارسی،ادبیات عرفانی،ادیان وعرفان با عنوان اصطلاحات سمبلیک ورمزی عرفان مقاله رشته ادبیات فارسی،ادبیات عرفانی،ادیان وعرفان با عنوان اصطلاحات سمبلیک ورمزی عرفان رشته ادبیات فارسی، ادبیات عرفانی،ادیان و عرفان ادبیات فارسی، ادبیات عرفانی، ادیان و عرفان همکاری در…

نظریه های لکنت زبان و تشریح علل اختلالات گفتاری و زبانی

نظریه های لکنت زبان و تشریح علل اختلالات گفتاری و زبانی کلمات کلیدی : علل لکنت زبان انواع لکنت زبان پایان نامه لکنت زبان نظریه های لکنت زبان روشهای درمان لکنت زبان جدیدترین روش درمان لکنت زبان رفتن به سایت…

بررسی پدیده جهانی شدن در عرصه‌ آموزش و پرورش در عصر اطلاعات

بررسی پدیده جهانی شدن در عرصه‌ آموزش و پرورش در عصر اطلاعات جهانی شدن عصر اطلاعات آموزش و پرورش جهانی شدن آموزش و پرورش دانلود مقاله کارشناسی ارشد تکنولوژی آموزشی بررسی پدیده جهانی شدن در عرصه‌ آموزش و پرورش در…

آموزش و پرورش در بیست سال آینده

آموزش و پرورش در بیست سال آینده آموزش و پرورش آموزش شهروندی چشم انداز بیست ساله راهبردهای جدید در یادگیری دانلود مقاله آموزش و پرورش در بیست سال آینده آیا آموزش زنان بر ساختار خانواده و کنترل جمعیت تأثیر مثبت…

پاسخی بگذارید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *