ارزیابی روابط ژنتیکی تنوع انواع سیب به کمک مارکر SSR

ارزیابی روابط ژنتیکی تنوع انواع سیب به کمک مارکر SSR

نشانگر SSR
ژنوم ارقام سیب
سطح مولكول DNA
مارکر مولکولی ریزماهواره
مارکر مولکولی SSR
روابط ژنتیکی ارقام و پایه های سیب
بررسی تنوع ژنتیکی سیب
تنوع ژنتیکی سیب با نشانگر SSR
شناسایی مولکولی ارقام و پایه های سیب توسط نشانگر SSR
ارزیابی روابط ژنتیکی تنوع انواع سیب به کمک مارکر SSR

رفتن به سایت اصلی

دانلود پایان نامه کارشناسی ارشد رشته کشاورزی

ارزیابی روابط ژنتیکی تنوع انواع سیب به کمک مارکر SSR

(مطالعه موردی: نهالستان بخش تحقیقات باغبانی موسسه اصلاح نهال)

 

 

 

 

چکیده:

ثبت و شناسایی ارقام و پایه های گیاهی و تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها مستلزم دسترسی به روشهای دقیق و قابل تکراری که از شرایط محیطی متأثر نباشد، می باشد. روشهای سنتی تعیین هویت بر اساس مشاهده ظاهری درخت و میوه است.  با توجه به اینکه بسیاری از خصوصیات ظاهری تحت تأثیر عوامل محیطی قرار می گیرند، این روش قابل اعتماد نیست.با استفاده از نشانگرها در سطح ملکول DNA می توان اطلاعات دقیقی از ژنوم گیاهان بدست آورد.از جمله نشانگرهای معتبر در بررسی ژنوم سیب، نشانگر SSR است که بدلیل تکرارپذیری بالا، ایجاد الگوی باندی نسبتاً ساده و توارث همبارز در بررسی تنوع ژنتیکی و شناسه دار کردن ارقام و  پایه های سیب کارایی بالایی دارد.

 

در بررسی حاضر از 5 جفت نشانگر پلی مورفیک SSR بر روی 24 رقم و پایه سیب بمنظور تهیه شناسنامه ژنتیکی برای بعضی از ارقام و پایه ها و همچنین تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها استفاده شد. نمونه های برگی از کلکسیون سیب جمع آوری و DNA آنها استخراج شدند و سپس با استفاده از نشانگرهای اختصاصی SSR مورد تکثیر قرار گرفتند.  پس از الکتروفورز عمودی در دستگاه توالی یاب  DNA در ژل پلی آکریل آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره در مجموع 52 آلل پلی مورفیک در 5 لوکوس ریزماهوار ( میانگین 4/10 در هر لوکوس) شناسایی شدند.

تجزیه کلاستر بطور جداگانه برای ارقام و پایه ها بر اساس حضور و عدم حضور باند با استفاده از برنامه NTSYS و ضریب تشابه Dice  مبتنی بر UPGMA انجام گرفت.  دندوگرام حاصل از ارقام نشان داد که ارقام مورد بررسی تنوع زیادی داشتند و در 6 کلاستر جای گرفتند و سیبهای گلاب مورد بررسی توسط این 5 جفت نشانگر از هم تفکیک شدند.  در دندوگرام پایه ها شباهت دو پایه MM111و  MM106 مشاهده گردید.با استفاده از 3 آغازگر (CH01H01,02B1,CH02B10) باندهای اختصاصی در ارقام (24 رقم) مشاهده شد. همچنین اگوی نواربندی اختصاصی برای بعضی از ارقام در هر آغازگر بدست آمد.  در نهایت این 5 آغازگر توانستند آللهای اختصاصی مربوط به پایه ها را تعیین کنند.

 

 

کلمات کلیدی:

مارکر SSR

شناسایی مولکولی

ارقام و پایه های سیب

 

 

مقدمه   

مهمترین درختان میوه ای که در مناطق معتدله و سردسیری به صورت اهلی درآمده‌اند در خانواده گلسرخیان  قرار دارند مانند سیب، گلابی، آلوچه، گیلاس و….. .  سیب از نظر اقتصادی بیشترین اهمیت را در بین محصولات درختی مناطق معتدله و سردسیری دارد و تعداد زیادی از ارقام تجاری آن به دلیل گرده‌افشانی باز، تلاقی‌های كنترل شده و یا تلقیح موتاسیون سوماتیكی با ارقام سازگار، قابل استفاده در برنامه‌های اصلاحی اند. یك مشكل قابل توجه در صنعت سیب و فراورده های آن تعیین هویت ارقام آن می‌باشد. روشهای سنتی تعیین هویت بر اساس مشاهده ظاهری درخت ومیوه است. با توجه به اینكه بسیاری از خصوصیات ظاهری تحت تأثیر عوامل محیطی قرار  می گیرند، این روش، قابل اعتماد نیست. روش دیگر برای تعیین هویت ارقام استفاده از نشانگر می باشد. استفاده از نشانگرها در سطح مولكول DNA  دقیق ترین روش بررسی است که جزئیات بیشتری از ژنوم ارقام سیب را ارائه می‌دهد. ازجمله نشانگرهای معتبردر بررسی ژنوم سیب، نشانگر  SSRاست که به دلیل قابلیت تکرارپذیری بالا، ایجاد الگوی باندی نسبتاً ساده و توارث هم بارز، در بررسی تنوع ژنتیکی و شناسه دار کردن ارقام سیب کارایی بالایی دارد. در این تحقیق با استفاده از نشانگرهای منتخب SSR تنوع ژنتیکی 29 رقم و پایه سیب و امکان دستیابی به نوارهای اختصاصی DNA در هر یک از ارقام و پایه ها مورد بررسی قرار گرفت.

 

 

 

 

فهرست مطالب

چکیده: 1

مقدمه 2

 

فصل اول:بررسی منابع و کلیات 3

1-1- تاریخچه و گسترش سیب در جهان 4

2-1- درخت سیب و خواص بتانیكی آن 5

3-1- فرآورده‌های سیب 6

4-1- خواص دارویی سیب 6

5-1- ارزش غذایی سیب 7

6-1- پایه‌های سیب 8

1-6-1-پایه‌های بذری 8

2-6-1- پایه‌های رویشی(غیر بذری) 9

1-2-6-1-پایه‌های مالینگ 9

2-2-6-1- پایه های مالینگ مرتون 10

3-2-6-1-پایه های بوداگوسکی 11

7-1- زیست شناسی مولكولی 11

1-7-1- نشانگر 11

2-7-1- هدف از كاربرد نشانگر 11

3-7-1- انواع نشانگرهای ژنتیكی 12

1-3-7-1- نشانگرهای ریخت‌شناسی (مورفولوژیكی) 12

2-3-7-1- نشانگرهای سیتوژنتیكی 12

3-3-7-1- نشانگرهای ملکولی در سطح پروتئین 12

4-3-7-1- نشانگرهای مولكولی در سطح  DNA 13

5-3-7-1- انواع نشانگرهای DNA 14

الف) نشانگرهای DNA غیر مبتنی بر PCR

– تفاوت طول قطعات حاصل از هضم (RFLP)  14

–  تعداد متفاوت ردیف‌های تكراری و ماهوارك‌ها (VNTR   & Minisatellites)  15

–  پویش ژنومی نشانه‌های هضم (RLGS)  15

ب) نشانگرهای DNA مبتنی بر PCR 15

4-7-1- ردیف‌های تكراری 17

1-4-7-1- ماهواره‌ها 18

2-4-7-1- ماهوارك‌ها 18

3-4-7-1- ریز ماهواره‌ها (میكروستلایت‌ها یا SSR) 19

5-7-1- چگونگی ایجاد میكروستلایت‌ها 20

6-7-1- خصوصیات نشانگرهای SSR 20

7-7-1- كاربردهای نشانگرهای SSR 21

8-7-1- مزایای ریز ماهواره ها 21

9-7-1- معایب ریز ماهواره‌ها 22

10-7-1- اساس چند شكلی در جایگاههای ریزماهواره 23

1-10-7-1-  مدل کراسینگ اور نا متقارن (UCO)  23

2-10-7-1- مدل سر خوردن پلیمراز هنگام همانند سازی(SSM) 24

8-1- واكنش زنجیره ای پلیمراز 24

1-8-1- اجزای واکنش PCR 24

1-1-8-1- آنزیم 24

2-1-8-1-مخلوط ذروكسی نوكلئوتید تری فسفات ( dNTPs ) 25

3-1-8-1-  DNA الگو 25

4-1-8-1-  آغازگرها 25

5-1-8-1- بافرها و كلرید منیزیوم 26

2-8-1- عوامل مؤثر براختصاصی بودن واكنش PCR 26

1-2-8-1- غلظت مخلوط  PCR 26

2-2-8-1- دما 27

3-2-8-1- تعداد و طول سیكل 27

4-2-8-1- افزاینده های PCR 27

3-8-1- (TD-PCR) Touch Down PCR 27

4-8-1- PCR  آشیانه ای 28

9-1- الكتروفورز ژل آگارز 28

10-1- الكترفورز ژل پلی آكریل آمید 29

11-1- مروری بر تحقیقات انجام شده توسط نشانگر SSR 29

 

فصل دوم مواد و روشها 31

1-2- مواد گیاهی 32

2-2- استخراج DNA 36

1-2-2- استخراجDNA به روش دلاپورتا 36

2-2-2- استخراج DNA به روش  CTAB 37

3-2- تعیین کیفیت نمونه های DNA 38

4-2- تعیین کمیت نمونه های DNA 39

5-2- PCR 39

1-5-2- اجزای واکنش  زنجیره‌ای پلیمراز 39

1-1-5-2- آغازگرها 39

2-1-5-2- آنزیم Taq DNA polymerase 40

3-1-5-2- بافر PCR 41

4-1-5-2- کلرید منیزیوم 41

5-1-5-2- dNTP 41

2-5-2- بهینه سازی واکنش زنجیره‌ای پلیمراز 42

6-2- الكتروفورز فراورده های PCR 43

1-6-2- الكتروفورز افقی در ژل آگارز 43

2-6-2- الكتروفورز عمودی در ژل پلی آکریل آمید 43

1-2-6-2- تیمار شیشه‌ها 44

2-2-6-2- تزریق ژل 44

3-2-6-2- گرم نمودن ژل 45

4-2-6-2- واسرشته سازی محصولات PCR 45

3-6-2 رنگ آمیزی ژل 46

7-2- تجزیه و تحلیل داده ها 47

1-7-2- امتیازدهی باندها 47

2-7-2- تجزیه خوشه ای 48

3-7-2-تعیین اندازه باندها و الگوی نواربندی اختصاصی 48

 

فصل سوم نتیجه گیری و بحث 49

1-3- نتایج استخراج DNA 50

2-3- بهینه سازی دمای اتصال آغازگرها 52

3-3- بهینه سازی روش PCR 52

4-3- بررسی نهایی نتایج حاصل از PCR 52

5-3- بررسی چند شکلی های SSR 54

6-3- بررسی و تحلیل روابط خویشاوندی بین ارقام 57

7-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای ارقام 60

7-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای ارقام 61

1-7-3- تعیین آللهای اختصاصی 61

2-7-3- الگوی نواربندی اختصاصی در ارقام 61

8-3- بررسی میزان خویشاوندی بین پایه ها 64

9-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای پایه ها 65

1-9-3- تعیین آللهای اختصاصی 65

 

فصل چهارم:نتیجه گیری کلی و پیشنهادات 75

نتیجه گیری کلی 80

پیشنهادات 84

ضمائم 87

منابع و مآخذ: 90

 

 

بررسی عوامل موثر بر بحران های بانکی در ایران

بررسی عوامل موثر بر بحران های بانکی در ایران تقاضای پول بحران های بانکی رابطه بحران های بانکی و تقاضای پول دانلود پایان نامه تقاضای پول دانلود پایان نامه بحران های بانکی اثر بحران های بانکی بر تقاضای پول عوامل…

پاورپوینت تعالی سازمان و جوایز کیفیت

پاورپوینت تعالی سازمان و جوایز کیفیت کلمات کلیدی : پاورپوینت تعالی سازمان و جوایز کیفیت تعریف تعالی سازمانی سطوح کیفیت الگوی تعالی سازمانی جایزه ملی کیفیت اروپایی EFQM جایزه ملی کیفیت ایران تندیس سیمین معیارهای جایزه ملی کیفیت ایران مدل…

مقاله تاریخ مشروطیت

مقاله تاریخ مشروطیت قاجار انقلاب مشروطه تاریخ مشروطیت ملی شدن صنعت نفت دانلود مقاله تاریخ مشروطیت ظهور و سقوط رضاشاه نیروهای درگیر در انقلاب مشروطه همکاری در فروش فایل همکاری در فروش فروش فایل انجام پایان نامه رشته تاریخ fileina…

فراوری فشار بالا در صنایع غذایی – ویژگی ها و کاربرد

فراوری فشار بالا در صنایع غذایی – ویژگی ها و کاربرد فراوری فشار بالا در صنایع غذایی – ویژگی ها و کاربرد رفتن به سایت اصلی نمونه ترجمه چکیده این مقاله با هدف نشان دادن فراوری فشار بالای موادغذایی برای…

پاورپوینت ایجاد و پرورش نیروی كار خلاق و نوآور در سازمان

پاورپوینت ایجاد و پرورش نیروی كار خلاق و نوآور در سازمان پاورپوینت ایجاد و پرورش نیروی كار خلاق و نوآور در سازمان ایجاد و پرورش نیروی كار خلاق و نوآور در سازمان تحقیق ایجاد و پرورش نیروی كار خلاق و…

ویژگی های تبلیغات موبایلی و عوامل تاثیرگذار بر افراد برای استفاده از آن

ویژگی های تبلیغات موبایلی و عوامل تاثیرگذار بر افراد برای استفاده از آن کلمات کلیدی : تعاريف تبليغات موبايلي تاریخچه تبليغات در ايران تحقیق در مورد تبليغات موبايلي خصوصیات موبايل به عنوان ابزار  تبليغاتي عوامل موثر برای استفاده از تبلیغات…

ابعاد و اقسام رشد و فرق آن با عدم رشد در موارد مشابه

ابعاد و اقسام رشد و فرق آن با عدم رشد در موارد مشابه کلمات کلیدی : مفهوم رشد در قرآن مفهوم رشد در فقه عامه مفهوم رشد در فقه اماميه  ابعاد و اقسام رشد  دليل شرط بودن رشد در نکاح…

علل تاثیرگذار بر ارزش ویژه برند از نگاه مشتریان شرکتهای ارائه دهنده اینترنت

علل تاثیرگذار بر ارزش ویژه برند از نگاه مشتریان شرکتهای ارائه دهنده اینترنت ارزش ویژه برند عوامل موثر بر ارزش ویژه برند ارتباطات دهان به دهان الکترونیکی ارزش ویژه برند شرکتهای ارائه دهنده اینترنت پایان نامه ارزش ویژه برند خدمات…

انواع گندم و شرایط مناسب برای رشد آن با تاکید بر گندم دوروم

انواع گندم و شرایط مناسب برای رشد آن با تاکید بر گندم دوروم منشاء و تاریخچه گندم اهمیت اقتصادی گندم دوروم اختلافات ساختاری و شیمیایی گندم دوروم و نان سطح زیر کشت گندم نان و دوروم در ایران صفات مرتبط…

پرسشنامه بررسی و اولویت بندی عوامل مهم اجرای مدیریت تولید بهنگام (JIT) در بخش خدمات

پرسشنامه بررسی و اولویت بندی عوامل مهم اجرای مدیریت تولید بهنگام (JIT) در بخش خدمات پرسشنامه مدیریت تولید بهنگام پرسشنامه اجرای مدیریت تولید بهنگام پرسشنامه اجرای مدیریت تولید به هنگام پرسشنامه اجرای مدیریت تولید بهنگام در بخش خدمات پرسشنامه عوامل…

پاورپوینت فصل هشتم کتاب تئوری حسابداری جلد اول تألیف دکتر شباهنگ با موضوع مفاهیم سود برای گزارشگری مالی

پاورپوینت فصل هشتم کتاب تئوری حسابداری جلد اول تألیف دکتر شباهنگ با موضوع مفاهیم سود برای گزارشگری مالی کلمات کلیدی : پاورپوینت فصل هشتم کتاب تئوری حسابداری شباهنگ با موضوع مفاهیم سود برای گزارشگری مالی پاورپوینت فصل هشتم کتاب تئوری…

مبانی نظری ارزیابی عملکرد شرکت های تعاونی

مبانی نظری ارزیابی عملکرد شرکت های تعاونی ارزیابی عملکرد با DEA ارزیابی عملکرد در شرکت های تعاونی ارزیابی عملکرد شرکت های تعاونی ارزیابی عملکرد با استفاده از تحلیل پوششی داده ها ارزیابی عملکرد شرکت های تعاونی با تحلیل پوششی داده ها…

پروپوزال ارائه الگوی تدوین استراتژی با روش ماتریس سوات و RBV در جهت کسب مزیت رقابتی پایدار

پروپوزال ارائه الگوی تدوین استراتژی با روش ماتریس سوات و RBV در جهت کسب مزیت رقابتی پایدار پروپوزال تدوین استراتژی تدوین استراتژی swot تدوین استراتژی به روش swot نمونه استراتژی تدوین شده تدوین استراتژی سازمان و شرکت تدوین استراتژی با…

بررسی عوامل كمرویی و گوشه گیری در كودكان

بررسی عوامل كمرویی و گوشه گیری در كودكان اختلالهای رفتاری كودكان مشاوره و راهنمایی كودک رفتارهای بهنجار و نابهنجار در كودكان دانلود مقالات رشته علوم تربیتی دانلود مقاله بررسی عوامل كمرویی و گوشه گیری در كودكان تعریف كمرویی دانلود مقاله…

مشکلات حقوقی تورم قوانین کیفری در ایران

مشکلات حقوقی تورم قوانین کیفری در ایران جرم انگاری تورم قوانین کیفری چالش های حقوقی دانلود پروپوزال کارشناسی ارشد رشته حقوق کیفری و جرم شناسی مشکلات حقوقی تورم قوانین کیفری در ایران دانلود پروپوزال کارشناسی ارشد حقوق کیفری و جرم…

بررسی انواع مدار داخلی و عملکرد تقویت کننده های عملیاتی OP-AMP + فایل رایگان تقویت کننده ها

بررسی انواع مدار داخلی و عملکرد تقویت کننده های عملیاتی OP-AMP + فایل رایگان تقویت کننده ها آپ امپ انواع مدار داخلی تقویت کننده های عملیاتی عملکرد تقویت کننده های عملیاتی مدار داخلی تقویت کننده های عملیاتی بررسی انواع مدار…

چارچوب نظری و پیشینه پژوهش آموزش فناوری اطلاعات و ارتباطات

چارچوب نظری و پیشینه پژوهش آموزش فناوری اطلاعات و ارتباطات کلمات کلیدی : فصل دوم پایان نامه آموزش فناوری اطلاعات و ارتباطات مبانی نظری آموزش فناوری اطلاعات و ارتباطات پیشینه تحقیق آموزش فناوری اطلاعات و ارتباطات پیشینه پژوهش آموزش فناوری…

طراحی و ارائه رویکرد جامع تلفیق برنامه‌های درسی

طراحی و ارائه رویکرد جامع تلفیق برنامه‌های درسی برنامه درسی تلفیقی تلفیق برنامه درسی برنامه درسی تلفیق در ایران رویكردهای تلفیقی در برنامه درسی تلفیق در برنامه درسی علوم انسانی رویکرد تلفیقی در برنامه درسی تلفیق برنامه‌های درسی در حوزه…

پروپوزال بررسی شیوه های مدیریت پروژه ای در سازمانها با استاندارد PMBOK

پروپوزال بررسی شیوه های مدیریت پروژه ای در سازمانها با استاندارد PMBOK استاندارد PMBOK در مدیریت پروژه طراحی سیستم مدیریت پروژه با PMBOK مدیریت پروژه در سازمانها با استاندارد PMBOK پروپوزال پیاده سازی استاندارد PMBOK در سازمانها مدیریت پروژه های…

مبانی نظری بررسی و توسعه دانش کاربردی در حیطه شناسی الگوی اخلاق حرفه ای با رویکرد اسلامی ایرانی

مبانی نظری بررسی و توسعه دانش کاربردی در حیطه شناسی الگوی اخلاق حرفه ای با رویکرد اسلامی ایرانی شاخص اخلاق حرفه ای طراحی مدل اخلاق حرفه ای اخلاق حرفه ای مدیران آموزشی اخلاق حرفه ای در مدیریت آموزشی اخلاق حرفه…

پاورپوینت بررسی جایگاه بازار سرمایه در بانکداری تجاری

پاورپوینت بررسی جایگاه بازار سرمایه در بانکداری تجاری کلمات کلیدی : پاورپوینت بررسی جایگاه بازار سرمایه در بانکداری تجاری تحقیق جایگاه بازار سرمایه در بانکداری تجاری تعریف کسادی و رکود ویژگی‌های دوران رکود افزایش جذابیت سرمایه‌گذاری ویژگی‌های سرمایه‌گذاران در دوران…

ادبیات نظری و پیشینه تجربی فرسودگی شغلی

ادبیات نظری و پیشینه تجربی فرسودگی شغلی کلمات کلیدی : مبانی نظری فرسودگی شغلی دانلود مبانی نظری فرسودگی شغلی پیشینه تحقیق فرسودگی شغلی فصل دوم پایان نامه فرسودگی شغلی پیشینه داخلی فرسودگی شغلی پیشینه خارجی فرسودگی شغلی پیشینه پژوهش فرسودگی…

پاورپوینت آشنایی با زبان نمادین رنگ ها

پاورپوینت آشنایی با زبان نمادین رنگ ها پاورپوینت آشنایی با زبان نمادین رنگ ها تحقیق آشنایی با زبان نمادین رنگ ها مقاله آشنایی با زبان نمادین رنگ ها آشنایی با زبان نمادین رنگ ها زبان نمادین رنگ ها رفتن به…

مقایسه موتورهای کاوش و ابر موتورهای کاوش و تعیین میزان همپوشانی میان آنها در بازیابی اطلاعات کشاورزی

مقایسه موتورهای کاوش و ابر موتورهای کاوش و تعیین میزان همپوشانی میان آنها در بازیابی اطلاعات کشاورزی موتورهای کاوش ابر موتورهای کاوش بازیابی اطلاعات کشاورزی مقایسه موتورهای کاوش و ابر موتورهای کاوش مقایسه موتورهای کاوش و ابر موتورهای کاوش و…

پرسشنامه بررسی اثر مدیریت روابط عملکرد پروژه در شرکتهای صنعتی

پرسشنامه بررسی اثر مدیریت روابط عملکرد پروژه در شرکتهای صنعتی پرسشنامه مدیریت روابط عملکرد پروژه پرسشنامه تاثیر مدیریت روابط عملکرد پروژه در شرکتهای صنعتی پرسشنامه عملکرد شرکت پرسشنامه عملکرد مالی سازمان های دولتی دانلود پرسشنامه مدیریت روابط عملکرد پروژه رفتن…

پاسخی بگذارید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *