بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها در سطح مولكول DNA

بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها در سطح مولكول DNA

ژنوم ارقام سیب
روابط ژنتیکی ارقام و پایه های سیب
بررسی تنوع ژنتیکی سیب
تنوع ژنتیکی سیب با نشانگر SSR
شناسایی مولکولی ارقام و پایه های سیب توسط نشانگر SSR
ارزیابی روابط ژنتیکی تنوع انواع سیب به کمک مارکر SSR
بررسی ژنوم ارقام سیب
بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها

رفتن به سایت اصلی

دانلود پایان نامه رشته کشاورزی

بررسی ژنوم ارقام سیب با استفاده از مارکرها در سطح مولكول DNA

 

 

 

چکیده:

ثبت و شناسایی ارقام و پایه های گیاهی و تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها مستلزم دسترسی به روشهای دقیق و قابل تکراری که از شرایط محیطی متأثر نباشد، می باشد. روشهای سنتی تعیین هویت بر اساس مشاهده ظاهری درخت و میوه است.  با توجه به اینکه بسیاری از خصوصیات ظاهری تحت تأثیر عوامل محیطی قرار می گیرند، این روش قابل اعتماد نیست.با استفاده از نشانگرها در سطح ملکول DNA می توان اطلاعات دقیقی از ژنوم گیاهان بدست آورد.از جمله نشانگرهای معتبر در بررسی ژنوم سیب، نشانگر SSR است که بدلیل تکرارپذیری بالا، ایجاد الگوی باندی نسبتاً ساده و توارث همبارز در بررسی تنوع ژنتیکی و شناسه دار کردن ارقام و  پایه های سیب کارایی بالایی دارد.

 

در بررسی حاضر از 5 جفت نشانگر پلی مورفیک SSR بر روی 24 رقم و پایه سیب بمنظور تهیه شناسنامه ژنتیکی برای بعضی از ارقام و پایه ها و همچنین تعیین رابطه ژنتیکی بین آنها استفاده شد. نمونه های برگی از کلکسیون سیب جمع آوری و DNA آنها استخراج شدند و سپس با استفاده از نشانگرهای اختصاصی SSR مورد تکثیر قرار گرفتند.  پس از الکتروفورز عمودی در دستگاه توالی یاب  DNA در ژل پلی آکریل آمید و رنگ آمیزی نیترات نقره در مجموع 52 آلل پلی مورفیک در 5 لوکوس ریزماهوار ( میانگین 4/10 در هر لوکوس) شناسایی شدند.

تجزیه کلاستر بطور جداگانه برای ارقام و پایه ها بر اساس حضور و عدم حضور باند با استفاده از برنامه NTSYS و ضریب تشابه Dice  مبتنی بر UPGMA انجام گرفت.  دندوگرام حاصل از ارقام نشان داد که ارقام مورد بررسی تنوع زیادی داشتند و در 6 کلاستر جای گرفتند و سیبهای گلاب مورد بررسی توسط این 5 جفت نشانگر از هم تفکیک شدند.  در دندوگرام پایه ها شباهت دو پایه MM111و  MM106 مشاهده گردید.با استفاده از 3 آغازگر (CH01H01,02B1,CH02B10) باندهای اختصاصی در ارقام (24 رقم) مشاهده شد. همچنین اگوی نواربندی اختصاصی برای بعضی از ارقام در هر آغازگر بدست آمد.  در نهایت این 5 آغازگر توانستند آللهای اختصاصی مربوط به پایه ها را تعیین کنند.

 

 

 

 

کلمات کلیدی:

مارکر SSR

شناسایی مولکولی

ارقام و پایه های سیب

 

 

 

 

 

مقدمه   

مهمترین درختان میوه ای که در مناطق معتدله و سردسیری به صورت اهلی درآمده‌اند در خانواده گلسرخیان  قرار دارند مانند سیب، گلابی، آلوچه، گیلاس و….. .  سیب از نظر اقتصادی بیشترین اهمیت را در بین محصولات درختی مناطق معتدله و سردسیری دارد و تعداد زیادی از ارقام تجاری آن به دلیل گرده‌افشانی باز، تلاقی‌های كنترل شده و یا تلقیح موتاسیون سوماتیكی با ارقام سازگار، قابل استفاده در برنامه‌های اصلاحی اند. یك مشكل قابل توجه در صنعت سیب و فراورده های آن تعیین هویت ارقام آن می‌باشد. روشهای سنتی تعیین هویت بر اساس مشاهده ظاهری درخت ومیوه است. با توجه به اینكه بسیاری از خصوصیات ظاهری تحت تأثیر عوامل محیطی قرار  می گیرند، این روش، قابل اعتماد نیست. روش دیگر برای تعیین هویت ارقام استفاده از نشانگر می باشد. استفاده از نشانگرها در سطح مولكول DNA  دقیق ترین روش بررسی است که جزئیات بیشتری از ژنوم ارقام سیب را ارائه می‌دهد. ازجمله نشانگرهای معتبردر بررسی ژنوم سیب، نشانگر  SSRاست که به دلیل قابلیت تکرارپذیری بالا، ایجاد الگوی باندی نسبتاً ساده و توارث هم بارز، در بررسی تنوع ژنتیکی و شناسه دار کردن ارقام سیب کارایی بالایی دارد. در این تحقیق با استفاده از نشانگرهای منتخب SSR تنوع ژنتیکی 29 رقم و پایه سیب و امکان دستیابی به نوارهای اختصاصی DNA در هر یک از ارقام و پایه ها مورد بررسی قرار گرفت.

 

 

 

 

فهرست مطالب

چکیده: 1

مقدمه 2

 

فصل اول:بررسی منابع و کلیات 3

1-1- تاریخچه و گسترش سیب در جهان 4

2-1- درخت سیب و خواص بتانیكی آن 5

3-1- فرآورده‌های سیب 6

4-1- خواص دارویی سیب 6

5-1- ارزش غذایی سیب 7

6-1- پایه‌های سیب 8

1-6-1-پایه‌های بذری 8

2-6-1- پایه‌های رویشی(غیر بذری) 9

1-2-6-1-پایه‌های مالینگ 9

2-2-6-1- پایه های مالینگ مرتون 10

3-2-6-1-پایه های بوداگوسکی 11

7-1- زیست شناسی مولكولی 11

1-7-1- نشانگر 11

2-7-1- هدف از كاربرد نشانگر 11

3-7-1- انواع نشانگرهای ژنتیكی 12

1-3-7-1- نشانگرهای ریخت‌شناسی (مورفولوژیكی) 12

2-3-7-1- نشانگرهای سیتوژنتیكی 12

3-3-7-1- نشانگرهای ملکولی در سطح پروتئین 12

4-3-7-1- نشانگرهای مولكولی در سطح  DNA 13

5-3-7-1- انواع نشانگرهای DNA 14

الف) نشانگرهای DNA غیر مبتنی بر PCR

– تفاوت طول قطعات حاصل از هضم (RFLP)  14

–  تعداد متفاوت ردیف‌های تكراری و ماهوارك‌ها (VNTR   & Minisatellites)  15

–  پویش ژنومی نشانه‌های هضم (RLGS)  15

ب) نشانگرهای DNA مبتنی بر PCR 15

4-7-1- ردیف‌های تكراری 17

1-4-7-1- ماهواره‌ها 18

2-4-7-1- ماهوارك‌ها 18

3-4-7-1- ریز ماهواره‌ها (میكروستلایت‌ها یا SSR) 19

5-7-1- چگونگی ایجاد میكروستلایت‌ها 20

6-7-1- خصوصیات نشانگرهای SSR 20

7-7-1- كاربردهای نشانگرهای SSR 21

8-7-1- مزایای ریز ماهواره ها 21

9-7-1- معایب ریز ماهواره‌ها 22

10-7-1- اساس چند شكلی در جایگاههای ریزماهواره 23

1-10-7-1-  مدل کراسینگ اور نا متقارن (UCO)  23

2-10-7-1- مدل سر خوردن پلیمراز هنگام همانند سازی(SSM) 24

8-1- واكنش زنجیره ای پلیمراز 24

1-8-1- اجزای واکنش PCR 24

1-1-8-1- آنزیم 24

2-1-8-1-مخلوط ذروكسی نوكلئوتید تری فسفات ( dNTPs ) 25

3-1-8-1-  DNA الگو 25

4-1-8-1-  آغازگرها 25

5-1-8-1- بافرها و كلرید منیزیوم 26

2-8-1- عوامل مؤثر براختصاصی بودن واكنش PCR 26

1-2-8-1- غلظت مخلوط  PCR 26

2-2-8-1- دما 27

3-2-8-1- تعداد و طول سیكل 27

4-2-8-1- افزاینده های PCR 27

3-8-1- (TD-PCR) Touch Down PCR 27

4-8-1- PCR  آشیانه ای 28

9-1- الكتروفورز ژل آگارز 28

10-1- الكترفورز ژل پلی آكریل آمید 29

11-1- مروری بر تحقیقات انجام شده توسط نشانگر SSR 29

 

فصل دوم مواد و روشها 31

1-2- مواد گیاهی 32

2-2- استخراج DNA 36

1-2-2- استخراجDNA به روش دلاپورتا 36

2-2-2- استخراج DNA به روش  CTAB 37

3-2- تعیین کیفیت نمونه های DNA 38

4-2- تعیین کمیت نمونه های DNA 39

5-2- PCR 39

1-5-2- اجزای واکنش  زنجیره‌ای پلیمراز 39

1-1-5-2- آغازگرها 39

2-1-5-2- آنزیم Taq DNA polymerase 40

3-1-5-2- بافر PCR 41

4-1-5-2- کلرید منیزیوم 41

5-1-5-2- dNTP 41

2-5-2- بهینه سازی واکنش زنجیره‌ای پلیمراز 42

6-2- الكتروفورز فراورده های PCR 43

1-6-2- الكتروفورز افقی در ژل آگارز 43

2-6-2- الكتروفورز عمودی در ژل پلی آکریل آمید 43

1-2-6-2- تیمار شیشه‌ها 44

2-2-6-2- تزریق ژل 44

3-2-6-2- گرم نمودن ژل 45

4-2-6-2- واسرشته سازی محصولات PCR 45

3-6-2 رنگ آمیزی ژل 46

7-2- تجزیه و تحلیل داده ها 47

1-7-2- امتیازدهی باندها 47

2-7-2- تجزیه خوشه ای 48

3-7-2-تعیین اندازه باندها و الگوی نواربندی اختصاصی 48

 

فصل سوم نتیجه گیری و بحث 49

1-3- نتایج استخراج DNA 50

2-3- بهینه سازی دمای اتصال آغازگرها 52

3-3- بهینه سازی روش PCR 52

4-3- بررسی نهایی نتایج حاصل از PCR 52

5-3- بررسی چند شکلی های SSR 54

6-3- بررسی و تحلیل روابط خویشاوندی بین ارقام 57

7-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای ارقام 60

7-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای ارقام 61

1-7-3- تعیین آللهای اختصاصی 61

2-7-3- الگوی نواربندی اختصاصی در ارقام 61

8-3- بررسی میزان خویشاوندی بین پایه ها 64

9-3- تعیین شناسنامه ژنتیکی برای پایه ها 65

1-9-3- تعیین آللهای اختصاصی 65

 

فصل چهارم:نتیجه گیری کلی و پیشنهادات 75

نتیجه گیری کلی 80

پیشنهادات 84

ضمائم 87

منابع و مآخذ: 90

 

 

بررسی رئوس مکاتب فکری در امنیت بین المللی با تاکید بر نظریه هژمونی

بررسی رئوس مکاتب فکری در امنیت بین المللی با تاکید بر نظریه هژمونی نظریه هژمونی امنیت بین المللی مکاتب فکری در امنیت بین المللی رئوس مکاتب فکری در امنیت بین المللی با تاکید بر نظریه هژمونی دانلود پایان نامه امنیت…

مبانی نظری و پیشینه تحقیق ارزش ویژه برند سبز

مبانی نظری و پیشینه تحقیق ارزش ویژه برند سبز مبانی نظری ارزش ویژه برند سبز دانلود مبانی نظری ارزش ویژه برند سبز پیشینه تحقیق ارزش ویژه برند سبز ادبیات نظری ارزش ویژه برند سبز فصل دوم پایان نامه ارزش ویژه…

بررسی نحوه به حداکثر رساندن مقاومت كنترل كننده در برابر اختلالات در سیستم های كنترل

بررسی نحوه به حداکثر رساندن مقاومت كنترل كننده در برابر اختلالات در سیستم های كنترل الگوریتم ژنتیک طراحی كنترل كننده ها كنترل كننده های پارامتری طراحی كنترل كننده های مقاوم بررسی نحوه به حداکثر رساندن مقاومت كنترل كننده در برابر…

پکیج مشاوران نصر فوق العاده و کاملا تضمین شده قبولی بی چون و چرا و شگفتی ساز حتی در شب امتحان

پکیج مشاوران نصر فوق العاده و کاملا تضمین شده قبولی بی چون و چرا و شگفتی ساز حتی در شب امتحان دانلود نمونه سوالات آزمون مشاوران سازمان نصر با پاسخ و جواب آزمون مشاوران رشته نرم افزار سخت افزار و…

پاورپوینت اعداد و معماری

پاورپوینت اعداد و معماری پاورپوینت اعداد و معماری تحقیق اعداد و معماری رابطه انسان با اعداد استفاده از عدد پي در معماري پارسه عدد طلائی نسبت طلایی در ایران نقش کمی و کیفی اعداد در معماری اسلامی نقش کمی اعداد…

 چارچوب نظری و پیشینه پژوهش ناتوانی هیجانی

 چارچوب نظری و پیشینه پژوهش ناتوانی هیجانی کلمات کلیدی : فصل دوم پایان نامه ناتوانی هیجانی مبانی نظری ناتوانی هیجانی پیشینه تحقیق ناتوانی هیجانی پیشینه داخلی ناتوانی هیجانی پیشینه خارجی ناتوانی هیجانی پیشینه پژوهش ناتوانی هیجانی پیشینه نظری ناتوانی هیجانی…

بررسی ماده 128 و تبصره آن از قانون آیین دادرسی کیفری

بررسی ماده 128 و تبصره آن از قانون آیین دادرسی کیفری ق آ د ک امور کیفری جزا و جرم شناسی قانون آئین دادرسی کیفری دانلود پایان نامه کارشناسی ارشد حقوق جزا و جرم شناسی بررسی ماده 128 و تبصره…

بررسی میزان رضایت از زندگی زناشویی و عوامل مؤثر بر آن در شهر تهران

بررسی میزان رضایت از زندگی زناشویی و عوامل مؤثر بر آن در شهر تهران زندگی زناشویی رضایت از زندگی زناشویی عوامل مؤثر بر رضایت از زندگی زناشویی تحصیلات همسان پایگاه اجتماعی اقتصادی میزان عشق و علاقه زوجین به یکدیگر دانلود…

دانلودکارآموزی شركت صنايع چدن پارس( نت ) 60 ص

دانلودکارآموزی شركت صنايع چدن پارس( نت ) 60 ص کلمات کلیدی : دانلودکارآموزی شركت صنايع چدن پارس( نت ) 60 ص رفتن به سایت اصلی نام فایل : کارآموزی شركت صنايع چدن پارس( نت ) 60 ص فرمت : .DOC…

ابلاغ رای داور

ابلاغ رای داور رای داور تسایس داوری ابلاغ اوراق قضائی دانلود مقالات رشته حقوق دانلود مقالات کارشناسی ارشد حقوق دانلود مقالات حقوقی سیستم همکاری در فروش فایل خرید مقالات حقوقی ابلاغ رای داور رفتن به سایت اصلی دانلود مقاله رشته حقوق…

مبانی نظری و پیشینه تحقیق هوش مذهبی

مبانی نظری و پیشینه تحقیق هوش مذهبی کلمات کلیدی : فصل دوم پایان نامه هوش مذهبی مبانی نظری هوش مذهبی پیشینه تحقیق هوش مذهبی پیشینه داخلی هوش مذهبی پیشینه خارجی هوش مذهبی پیشینه پژوهش هوش مذهبی پیشینه نظری هوش مذهبی…

پاورپوینت بررسی دیدگاه رفتاری در نظریه های برنامه ریزی درسی

پاورپوینت بررسی دیدگاه رفتاری در نظریه های برنامه ریزی درسی کلمات کلیدی : پاورپوینت بررسی دیدگاه رفتاری در نظریه های برنامه ریزی درسی بررسی دیدگاه رفتاری در نظریه های برنامه ریزی درسی پاورپوینت دیدگاه رفتاری دیدگاه برنامه درسی چیست دیدگاه…

هزینه های اشتغال و رابطه آن با سلامت زنان

هزینه های اشتغال و رابطه آن با سلامت زنان اشتغال زنان اثر اشتغال بر سلامت زنان بیکاری نیروی کار زنان در ایران مشارکت نیروی کار زنان در ایران دانلود مقالات رشته اقتصاد دانلود مقالات اقتصاد هزینه های اشتغال و رابطه…

پروپوزال تبیین رابطه توانمندسازها، عملکرد و پایداری زنجیره تامین

پروپوزال تبیین رابطه توانمندسازها، عملکرد و پایداری زنجیره تامین زنجیره تامین پایدار عملکرد زنجیره تامین پایداری زنجیره تامین توانمندسازهای زنجیره تامین اندازه گیری پایداری زنجیره تامین شاخص های عملکرد زنجیره تامین مدیریت زنجیره تامین پایدار و ضرورت بررسی آن مدیریت…

پرسشنامه تعیین تاثیر خرید استراتژیک بر توسعه تامین کنندگان و عملکرد تدارکات کالا

پرسشنامه تعیین تاثیر خرید استراتژیک بر توسعه تامین کنندگان و عملکرد تدارکات کالا پرسشنامه خرید استراتژیک پرسشنامه توسعه تامین کنندگان کالا پرسشنامه عملکرد تدارکات کالا پرسشنامه تاثیر خرید استراتژیک بر توسعه تامین کنندگان کالا پرسشنامه تعیین تاثیر خرید استراتژیک بر…

پاورپوینت راهبردهای گردشگری برای گسترش فرصت‏های اقتصادی

پاورپوینت راهبردهای گردشگری برای گسترش فرصت‏های اقتصادی کلمات کلیدی : پاورپوینت راهبردهای گردشگری برای گسترش فرصت‏های اقتصادی دیدگاه‏های تنظیم برنامه توسعه گردشگری عوامل اساسی استرتژی گردشگری استراتژی جذب سرمایه‏گذار برای گردشگری کشور گردشگری، عنصر کلیدی جذب سرمایه کمیته تخصصی مشاوران…

مقاله رشته هنر و گرافیک با عنوان اصول اپتیک

مقاله رشته هنر و گرافیک با عنوان اصول اپتیک دوام بصری در شبکیه پدیده ی فای تصاویر متحرک عکاسی مسلسل دانلود مقاله اصول اپتیک دانلود مقاله رشته هنر رفتن به سایت اصلی دانلود مقاله رشته هنر و گرافیک با عنوان…

خم کاری فشاری لوله به روش شکل‌دهی هیدرولیکی و ارزیابی پارامترهای موثر بر آن

خم کاری فشاری لوله به روش شکل‌دهی هیدرولیکی و ارزیابی پارامترهای موثر بر آن کلمات کلیدی : خمکاری لوله هیدروفرمینگ لوله خمکاری هیدرولیکی شبیه سازی اجزای محدود فرآیند خم کاری لوله جدار نازک دانلود پایان نامه خمکاری فشاری لوله جدار…

دانلود مقاله سد لاستیكی

دانلود مقاله سد لاستیكی سد سدسازی دانلود مقاله سد لاستیكی سیستم كنترل در سد دانلود مقالات رشته عمران دانلود مقاله سدهای لاستیکی دانلود مقالات مهندسی عمران دانلود مقالات عمران سد لاستیكی سدهای لاستیکی رفتن به سایت اصلی دانلود مقاله رشته…

بررسی و تشریح نظریه های شناخت گرایی از زیر مجموعه های نظریه های یادگیری

بررسی و تشریح نظریه های شناخت گرایی از زیر مجموعه های نظریه های یادگیری نظریه های یادگیری تحقیق نظریه های یادگیری نظریه های شناخت گرایی تحقیق نظریه های شناخت گرایی مسایل یادگیری در انسان زمینه و پیشینه نظریه های یادگیری…

مبانی نظری ارزیابی تطبیقی فرهنگ سازمانی در مدارس متفاوت

مبانی نظری ارزیابی تطبیقی فرهنگ سازمانی در مدارس متفاوت فرهنگ سازمانی مدارس فرهنگ سازمانی در مدارس فرهنگ سازمانی مدیران مدارس فرهنگ سازمانی معلمان مدارس مقایسه فرهنگ سازمانی مدارس خاص با مدارس عادی مبانی نظری فرهنگ سازمانی پیشینه تحقیق فرهنگ سازمانی…

ارزیابی عملکرد بانک با تحلیل پوششی داده

ارزیابی عملکرد بانک با تحلیل پوششی داده ارزیابی عملکرد با DEA ارزیابی عملکرد در بانک ارزیابی عملکرد با استفاده از تحلیل پوششی داده ها شاخص های ارزیابی عملکرد بانکها شاخص های ارزیابی عملکرد شعب بانک ارزیابی عملکرد بانک با تحلیل…

پاورپوینت آشنایی با معماران مدرن (معاصر)

پاورپوینت آشنایی با معماران مدرن (معاصر) پاورپوینت بررسی معماران مدرن پاورپوینت بررسی معماران معاصر آشنایی با معماری معاصر معماران مدرن بررسی معماران مدرن بررسی معماران معاصر تحقیق بررسی معماران مدرن (معاصر) مقاله بررسی معماران مدرن (معاصر) بررسی معماران مدرن آشنایی…

بررسی اعتراض به آراء دادگاهها و مراجع قضایی

بررسی اعتراض به آراء دادگاهها و مراجع قضایی قاعده اسقاط حق اعتراض به آراء دادگاهها اعتراض به آراء مراجع قضایی انوع حق اعتراض به آراءدادگاهها بررسی اعتراض به آراء دادگاهها و مراجع قضایی دانلود پایان نامه اعتراض به آراء دادگاهها…

جزوه کامل بیوشیمی عمومی

جزوه کامل بیوشیمی عمومی کلمات کلیدی : جزوه کامل بیوشیمی عمومی رفتن به سایت اصلی جزوه کامل بیوشیمی عمومی به تعداد 167 صفحه pdf مناسب اساتید و دانشجویان علوم آزمایشگاهی- پرستاری – مامایی و دامپزشکی   آب ، اسید و…

پاسخی بگذارید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *